Via de zoekmachine PubMed kan je meer dan 30 miljoen biomedische referenties doorzoeken. De toegang tot referenties en abstracts in PubMed is vrij toegankelijk voor iedereen. De full text van artikels raadplegen kan via de SFX-knop. Meer info over de SFX-knop vind je hier. PubMed is vernieuwd. Klik hier voor meer informatie.

NAAR DE PUBMED WEBSITE

Waarom zoeken in PubMed?

PubMed heeft als grootste subset de MEDLINE-databank van de U.S. National Library of Medicine (NLM). Daarnaast wordt PubMed aangevuld met referenties van artikels die nog niet geïndexeerd zijn voor MEDLINE of buiten de scope van MEDLINE vallen. Ook bevat PubMed referenties naar e-books gepubliceerd op de NCBI Bookshelf.

Het loont de moeite om naast PubMed in ieder geval ook de Europese tegenhanger Embase te raadplegen, omdat beide databanken een aantal unieke referenties hebben en eigen accenten leggen. Meer informatie vind je hier.

  • Scopus en Web of Science zijn uiterst geschikt om citaatgericht zoeken, Embase en PubMed zijn hier minder op gericht. Per artikel wordt in Embase het aantal citerende artikels in Scopus vermeld en kan je doorklikken naar een overzicht van deze artikels in Scopus.
  • In Embase en PubMed kan je via het gebruik van indextermen je zoekstrategie doordachter uitbouwen: synoniemen en termen hoger of lager in de hiërarchie worden automatisch meegenomen in je zoekopdracht. Scopus bevat wel alle indextermen van Embase (veldcode INDEXTERMS) maar integreert de synoniemen en hiërarchisch hogere en lagere termen niet in je zoekopdracht. Bij Scopus en Web of Science krijg je bijgevolg beduidend minder zoekresultaten dan bij Embase en PubMed. Bijvoorbeeld: als je in Scopus zoekt op “heart attack”, mis je alle publicaties die “myocardial infarction” vermelden of die geïndexeerd zijn met de Emtree-term “heart infarction”.
  • Subheadings, waarbij de focus gelegd wordt op een bepaald aspect van een zoekterm, zijn niet opgenomen in Scopus en Web of Science. Zo kan je minder nauwgezet zoeken.

Hoe zoeken in PubMed?

Je kan in PubMed zoeken met vrije tekstwoorden (zie Automatic Term Mapping en Zoeken via Tags). Bovendien kan je zoeken met behulp van MeSH-termen, de trefwoorden van de thesaurus (zie Zoeken via MeSH-termen). Een goede zoekactie bestaat echter uit de combinatie van beide (zie Zoeken via vrije tekstwoorden én MeSH-termen).

In PubMed kunnen volgende Booleaanse operatoren gebruikt worden om je zoekopdracht op te stellen:

  • AND: alle termen moeten voorkomen. Bij een standaard zoekopdracht wordt AND automatisch tussen je zoektermen geplaatst.
  • OR: één van de termen moet voorkomen.
  • NOT: deze term mag niet voorkomen.

In PubMed maak je gebruik van dubbele aanhalingstekens om te zoeken naar een exact woord of woordcombinatie bijv. “cardiovascular disease”. Het gebruik van ronde haakjes wijzigt de volgorde van het uitvoeren van de AND-, OR-, en NOT-combinaties. Dit laatste wordt ook wel ‘nesting’ genoemd.

Bij het ingeven van een zoekterm – zonder tags en aanhalingstekens – wordt standaard gezocht op zowel vrije tekstwoorden als op MeSH-termen, trefwoorden van de gecontroleerde thesaurus.

Via Details  – die je vanop de Advanced Search kan bekijken – kan je nagaan hoe PubMed via Automatic Term Mapping je zoekterm(en) vertaalt met behulp van operatoren en tags.

Via tags geef je zelf aan in welke velden je zoekterm moet voorkomen. De tags of veldcodes worden tussen vierkante haakjes genoteerd en volgen op de zoekterm bijv. hypotension[All fields]. Standaard (bijv. via Automatic Term Mapping) wordt de tag [All fields] toegevoegd. Hou er rekening mee dat m.b.v. deze tag de zoekterm ook in de auteursnaam of affiliatie kan voorkomen (maar nooit in de full text). Indien je echter de tag [TIAB] gebruikt, beperk je de zoekresultaten tot diegene waarbij de zoektermen uitsluitend in de titel, het abstract en/of the author keywords voorkomen.

Een overzicht van de tags of veldcodes in PubMed vind je hier.

In MEDLINE worden trefwoorden per artikel toegekend, de zogenaamde MeSH of Medical Subject Headings.

MeSH-termen zijn doorzoekbaar via de MeSH-databank.

Op de detailpagina van een MeSH-term vind je enkele bouwstenen voor je zoekopdracht:

  • Subheading: indexterm die een aspect van een MeSH-term belicht.
  • Major Topic: MeSH-term als hoofdonderwerp geïndexeerd.
  • Plaats van de term in de boomstructuur, met aanduiding van MeSH-termen hoger en lager in de hiërarchie. Bij een standaard zoekopdracht worden alle onderliggende trefwoorden meegenomen, maar hier heb je de mogelijkheid om deze optie uit te schakelen indien dit inhoudelijk relevant zou zijn.

TIP: Key articles kunnen een bron van MeSH-termen zijn, die bruikbaar zijn voor verdere zoekopdrachten.

Zoeken op MeSH-termen heeft als voordeel dat het artikel over het onderwerp handelt (ongeacht hoe de auteur het onderwerp beschreven heeft). Bovendien leidt het je ook naar artikels zonder abstract. Het is aangeraden om deze zoekactie te combineren met vrije tekstwoorden, zodat artikels die (nog) niet van trefwoorden voorzien zijn uit je zoekopdracht komen. Het kan nuttig zijn om bij die tweede zoekactie de tag [TIAB] aan je zoekterm(en) toe te voegen, zodat de zoektermen uitsluitend in de inhoudelijk relevante velden nl. titel, abstract en/of author keywords mogen voorkomen.

In de Advanced Search Builder kan je een zoekstrategie opbouwen. Via de Add terms to the query box-optie, kan je tags of veldcodes gaan toevoegen aan je zoekterm(en). In de Query box kan je je zoekstrategie opbouwen aan de hand van verschillende zoektermen en Booleaanse operatoren.

De eerder ingevoerde zoektermen worden onder History bewaard. Vanuit History kan je ze met (een) nieuwe zoekterm(en) combineren.

De zoekresultaten verfijnen kan je door in de linkerkolom te filteren op: Text Availability, Article Attribute, Article Type, Publication Date and Journal Category.

Bijkomende filters of opties van een standaard filter kan je toevoegen via ‘Additional Filters’. Na het toevoegen, dien je de filter nog te activeren via de check box voor de filter.

Tip: na inloggen via MyNCBI, kan je je persoonlijke filters bovenaan in de linkerkolom zien en aanpassen. Je kan er bijvoorbeeld een veel gebruikte zoekblok (die van toepassing is op jouw onderzoeksdomein) toevoegen, zodanig je die altijd kan activeren tijdens het zoeken in PubMed.

  • Gebruik de Truncatie Operator nl. de asterisk (*) om variabiliteit toe te laten voor meerdere karakters in je zoekopdracht. Let op: dit kan in PubMed uitsluitend aan het einde van een woord of woordencombinatie gebruikt worden. Voorbeeld: de zoekopdracht creat* zal resultaten voor creature, creation, create, creating, creator enz. weergeven. Een asterisk kan je in de nieuwe PubMed wél gebruiken in combinatie met aanhalingstekens!
  • In PubMed kan je op eenvoudige wijze gerelateerde artikels bekijken nl. via Similar Articles, aan de rechterzijde van een detailpagina van een record.
  • Ga zeker ook op zoek in de databank Embase, de Europese tegenhanger van PubMed. Zowel PubMed als Embase hebben over de meeste onderwerpen een aantal unieke referenties, aangezien je via beide de MEDLINE databank doorzoekt. Meer informatie vind je hier.
  • Wanneer je via een auteursnaam zoekt, voer je eerst de familienaam en vervolgens één of meer initialen in.
  • Ben je op zoek naar één artikel waarvan je de titel kent? Kopieer en plak die in de Single Citation Matcher op de PubMed-homepagina.

Met PubCrawler en MyNCBI kun je op de hoogte blijven van nieuwe artikels over je onderwerp. Voor beide services moet je een account aanmaken, maar het gebruik ervan is gratis. Het werkt vooral goed als je een specifieke zoekstrategie formuleert, zodat je niet wordt overladen. De resultaten zijn op de websites te zien, maar kunnen ook naar je mailadres gestuurd worden. Alerts creëren via MyNCBI kan eenvoudig tijdens het zoeken in PubMed. Bij PubCrawler kan je ook updates krijgen van artikels gerelateerd aan één specifiek artikel.

Koppeling met EndNote

Bekijk hier de instructievideo.

Wil je één of meerdere referenties in je persoonlijke EndNote library overnemen, selecteer ze dan in de lijst van zoekresultaten. Kies vervolgens voor Send to > Citation manager. Er wordt een nbib file gemaakt wat je kan openen wanneer je EndNote geopend is. Artikels worden dan automatisch geïmporteerd in je EndNote library.

Tip: Wanneer je EndNote via Athena gebruikt, dan dien je ook de PubMed via een browers op Athena geopend te hebben om rechtstreekse import mogelijk te maken.

Het maximum aantal referenties die je in 1 beweging naar je EndNote library kan importeren, is 10.000.

Bijkomende informatie / opleidingen georganiseerd door het KCGG

Bekijk de tutorial en/of de Frequently Asked Questions, of contacteer het KCGG met al je vragen over PubMed.

Een overzicht van de geplande opleidingen over PubMed vind je hier. Staat er op korte termijn geen opleiding gepland of heb je interesse in een opleiding op maat? Contacteer dan het KCGG.